Faktura wystawiona elektronicznie musi zawierać informacje określone w rozporządzeniu Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym płatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania. Kilka słów o e-fakturach.
Dokumenty generowane w formie elektronicznej nie muszą zawierać oznaczenia oryginał i kopia. W związku z tym mogą być przygotowywane jako jeden dokument. Dostawca po przesłaniu tego dokumentu droga elektroniczną zachowuje go w swojej dokumentacji a nabywca w swojej.
Szczegółowe regulacje w kwestii wystawiania e - faktur ustawodawca określił w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w kwestii wystawiania i wysyłania faktur w formie elektronicznej, a też przechowywania i udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur.
Poza standardowym wystawianiem e - faktur istnieje możliwość wystawiania tychże dokumentów przez kupca. Jednym z wymogów jest terminowe przedstawienie do akceptacji faktury VAT dostawcy. Jednak gdy istnieją przeszkody uniemożliwiające dostawcy akceptację w formie elektronicznej, dokonuje jej czytelnym podpisem na wydruku tej faktury.
Poza wystawioną elektronicznie fakturą istnieje możliwość generowania elektronicznej noty korygującej. Warto pamiętać, że akceptacja takiej noty musi być wyrażona przez wystawcę faktury też w formie elektronicznej, chyba że stoją na przeszkodzie czynniki formalne lub techniczne. Wystawca faktury dokonuje w takim przypadku akceptacji poprzez czytelny podpis na wydruku tej noty.
Przepisy regulują także, jakie warunki musi spełnić wystawca faktury przed wystawieniem e-faktury dla swojego klienta. Musi on bezwzględnie uzyskać akceptację ze strony odbiorcy na tę formę wystawiania dokumentów. Akceptacja może być udzielona w formie pisemnej lub w formie elektronicznej podpisana bezpiecznym podpisem elektronicznym. Brak takiej zgody uniemożliwia sporządzanie faktur w postaci elektronicznej.
Prawodawca określił moment powstania prawa do zmniejszenia kwoty podatku należnego w rozliczeniu za okres, w którym płatnik otrzymał fakturę albo dokument celny. Za moment otrzymania można uznać moment wejścia e-faktury na serwer pocztowy odbiorcy. Wystawcy i odbiorcy e-faktur powinni wiedzieć, iż dostarczanie faktur wystawionych elektronicznie na dyskietce lub na CD nie spełnia przepisów dotyczących sporządzania e-faktur.
Istotną informacją dla płatników korzystających z e-faktur jest sposób przechowywania tych dokumentów, jakie określił w rozporządzeniu ustawodawca. Podstawową zasadą jest przechowywanie tych dokumentów na terytorium Rzeczpospolitej. Powinny one być w ten sposób przechowywane, aby w każdej chwili istniała możliwość ich wydruku. Poza tym musi istnieć stały i pełny dostęp do nich drogą elektroniczną, w tej samej formie i formacie, w którym zostały przesłane. Przez cały okres przechowywania musza być czytelne.
Tak jak dokumenty wystawione w wersji papierowej okres przechowywania e-faktur ma związek z upływem terminu przedawnienia się zobowiązania podatkowego – 5 lat od końca roku ,w którym upłynął termin płatności podatku.